為何學術查重報告中有時候會將參考文獻部分標紅呢？有以下兩個緣故，有可能論文筆者選用不正規的學術查重軟件對論文查重，而這種不正規的學術查重軟件無非正規的學術查重，所以不可能甄別參考文獻，從而引發參考文獻標紅；二是論文的參考文獻樣式不正確，引發學術查重軟件不可能準確甄別該部分的參考文獻，使得將該參考文獻部分標紅，若是該部分參考文獻樣式準確就會被學術查重甄別，使得不會納入查重范圍以內。
綜上所述，學術查重并不包括參考文獻，學術查重一般而言只對論文的摘要部分、英文摘要部分、內容部分及附錄部分來查重，而參考文獻并不會在學術查重范圍之內。所以，論文筆者大可不必擔心因需要用到羅列眾多參考文獻在論文當中。
但是，只有正規的學術才能甄別參考文獻，此外其有的一個前置性條件就是參考文獻樣式準確，這也說明論文筆者該當到學術不端網的“學術查重入口”等正規的學術查重平臺來查重，且要通過規定創寫參考文獻，保障學術可以甄別。